A contabilidade para farmacêuticos tem uma particularidade que não existe em nenhuma outra profissão da saúde: dentro do mesmo CNPJ, a mesma caixinha pode ser tributada em dois anexos diferentes do Simples Nacional. Medicamento manipulado sob encomenda vai para o Anexo III; medicamento de prateleira vai para o Anexo I. Isso está escrito na Lei Complementar 123 e é ignorado com uma frequência impressionante.
Some a isso o ICMS por substituição tributária — que já veio pago na maior parte dos medicamentos — e você tem os dois pontos onde farmácia e farmacêutico mais perdem dinheiro todo mês.
Este guia traz o CNAE correto, a questão do MEI, o enquadramento no Simples, ST, responsável técnico e o passo a passo de abertura.
CNAE para farmacêuticos
Depende do que você faz: drogaria, manipulação, consultoria clínica, análises, distribuição ou responsabilidade técnica.
| Código | Descrição oficial | Quando usar |
|---|---|---|
| 4771-7/01 | Comércio varejista de produtos farmacêuticos, sem manipulação de fórmulas | Drogaria e farmácia de prateleira |
| 4771-7/02 | Comércio varejista de produtos farmacêuticos, com manipulação de fórmulas | Farmácia de manipulação e homeopatia |
| 8650-0/99 | Atividades de profissionais da área de saúde não especificadas anteriormente | Farmácia clínica, acompanhamento farmacoterapêutico, atenção farmacêutica |
| 7490-1/99 | Outras atividades profissionais, científicas e técnicas não especificadas anteriormente | Consultoria farmacêutica, assuntos regulatórios, responsabilidade técnica |
| 7120-1/00 | Testes e análises técnicas | Controle de qualidade, análises técnicas laboratoriais |
| 8640-2/02 | Laboratórios clínicos | Análises clínicas com estrutura de laboratório |
| 8599-6/04 | Treinamento em desenvolvimento profissional e gerencial | Cursos e capacitação para equipes de farmácia |
| 4644-3/01 | Comércio atacadista de medicamentos e drogas de uso humano | Distribuição atacadista |
| 4772-5/00 | Comércio varejista de cosméticos, produtos de perfumaria e de higiene pessoal | Linha de perfumaria e higiene da farmácia |
Um erro que circula em vários materiais: o código 8690-9/04 é atividades de podologia, não atividade farmacêutica. Não use. Confira cada descrição na consulta de CNAE por profissão.
Farmacêutico pode ser MEI?
Não, por dois motivos independentes. Primeiro: farmácia é profissão regulamentada (Lei 3.820/1960, registro no CRF), e profissões regulamentadas estão fora do MEI. Segundo: o comércio de medicamentos exige responsável técnico e licença sanitária, incompatíveis com o regime do microempreendedor individual.
Nem a consultoria farmacêutica escapa: ela também depende de registro profissional. Ou seja, não há caminho de MEI para farmacêutico, mesmo com faturamento baixo.
Quem atua sozinho como consultor ou responsável técnico abre uma SLU. Quem monta drogaria ou farmácia de manipulação normalmente vai de Ltda, com registro da empresa no CRF e responsável técnico habilitado durante todo o horário de funcionamento.
O teto do Simples Nacional é de R$ 4,8 milhões por ano, então há espaço de sobra para crescer. Se você é MEI hoje por outra atividade e estourou os R$ 81 mil, veja MEI que estourou o limite no meio do ano.
Contabilidade para farmacêuticos no Simples: qual anexo se aplica
Aqui está o ponto que separa a farmácia bem assessorada da mal assessorada.
| Tipo de receita | Anexo | Alíquota inicial | Base legal / observação |
|---|---|---|---|
| Medicamento manipulado sob encomenda, com prescrição, para entrega posterior | Anexo III | 6% | LC 123, art. 18, §4º, VII |
| Medicamento e produto de prateleira, venda no balcão | Anexo I | 4% | Regra geral de comércio |
| Consultoria e atenção farmacêutica (serviço) | Anexo V ou III | 15,5% ou 6% | Serviço intelectual, sujeito ao Fator R |
| Análises clínicas e testes técnicos | Anexo III | 6% | Serviço com previsão específica |
O manipulado é o detalhe de ouro. Se a fórmula é preparada sob encomenda, para entrega posterior ao paciente, em caráter pessoal e mediante prescrição, a receita é do Anexo III. Nos demais casos — inclusive manipulado pronto na prateleira — vai para o Anexo I. Farmácia de manipulação que joga tudo em um anexo só está errando a apuração, para mais ou para menos.
Para a parte de serviço, vale o Fator R: com folha e pró-labore somando 28% ou mais da receita dos últimos 12 meses, você fica no Anexo III (6%); abaixo disso, Anexo V (15,5%). O pró-labore de até R$ 5 mil mensais é isento de IR em 2026, pela Lei 15.270/2025, o que barateia muito essa estratégia. Simule na calculadora de Fator R, dimensione na calculadora de pró-labore e confira as faixas na tabela do Simples Nacional.
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ICMS-ST e CRF: o específico da contabilidade para farmacêuticos
Substituição tributária é o maior vazamento. Medicamentos estão no regime de ICMS-ST em praticamente todos os estados: o imposto já foi recolhido pelo laboratório ou distribuidor. Essa receita precisa ser marcada como ST no PGDAS. Farmácia que não segrega paga ICMS de novo, sobre quase todo o estoque, todo mês. É comum encontrar valor relevante a recuperar nos últimos 60 meses.
Cadastro de produto é contabilidade. A segregação de ST não acontece na planilha do contador — acontece no cadastro do produto no sistema de PDV, com CST/CSOSN e NCM corretos. Se o cadastro estiver errado, a apuração sai errada por consequência.
Registro no CRF e responsável técnico. A empresa precisa de registro no Conselho Regional de Farmácia e de farmacêutico responsável presente durante o horário de funcionamento. Sem isso, não há licença sanitária.
Licença da vigilância sanitária e da ANVISA. Drogaria, manipulação e distribuição têm exigências distintas. Manipulação segue a RDC 67/2007, com requisitos de estrutura, controle de qualidade e rastreabilidade que impactam o investimento inicial.
Controlados e SNGPC. Medicamentos sujeitos a controle especial exigem escrituração no SNGPC. É obrigação sanitária, mas conversa direto com o controle de estoque contábil.
Equipe. Balconista, atendente e farmacêutico substituto. O responsável técnico costuma ser contratado, mas há farmácias que trabalham com RT em modelo PJ — algo legal e praticado no setor. A avaliação do risco trabalhista cabe a você como empresário; estruture do jeito certo, com contrato, escopo e nota fiscal. Dimensione o custo na calculadora de custo CLT.
Lucro. Depois do DAS, a distribuição segue isenta em 2026, com retenção de 10% na fonte só acima de R$ 50 mil por mês. Veja tributação de dividendos 2026.
Passo a passo para abrir a farmácia ou a consultoria farmacêutica
- Consulta de viabilidade na prefeitura: zoneamento e distância mínima entre farmácias, quando o município exigir.
- Defina CNAEs: 4771-7/01 ou 4771-7/02 para varejo; 7490-1/99 ou 8650-0/99 para consultoria e atenção farmacêutica.
- Escolha o tipo societário: SLU para consultoria individual, Ltda para o varejo.
- Junta Comercial e CNPJ.
- Inscrição estadual (ICMS) para quem vende mercadoria e inscrição municipal para quem presta serviço.
- Opção pelo Simples Nacional em até 30 dias.
- Registro no CRF e indicação do responsável técnico.
- Licença sanitária, alvará e bombeiros; autorização específica da ANVISA quando houver manipulação ou controlados.
- Configure o PDV com NCM, CST/CSOSN e marcação de ST. É esse cadastro que evita imposto pago em duplicidade.
Perguntas frequentes
Farmácia paga quanto de imposto no Simples?
A venda de prateleira começa em 4% no Anexo I. Manipulado sob encomenda com prescrição entra no Anexo III, com 6%. E boa parte do ICMS já vem pago por substituição tributária, o que reduz o DAS quando segregado corretamente.
Farmacêutico pode abrir MEI?
Não. É profissão regulamentada com registro no CRF, e o comércio de medicamentos exige responsável técnico e licença sanitária.
Qual CNAE para farmacêutico consultor?
7490-1/99 para consultoria e assuntos regulatórios, ou 8650-0/99 para atenção farmacêutica e acompanhamento farmacoterapêutico. A tributação segue o Fator R.
Como saber se pago ICMS-ST duas vezes?
Compare o que foi declarado como receita com ST no PGDAS com as notas de entrada dos medicamentos. Se a marcação não existe, você está pagando de novo — e é recuperável.
Manipulação e drogaria podem ficar no mesmo CNPJ?
Podem, desde que os dois CNAEs estejam registrados, a licença sanitária cubra as duas atividades e as receitas sejam segregadas na apuração.
Conclusão
Farmácia é um dos negócios em que a contabilidade tem impacto direto e mensurável: segregar ST corretamente e classificar manipulados no anexo certo muda o resultado do mês, não do ano. E, para o farmacêutico consultor, o Fator R faz a mesma diferença de sempre — 6% contra 15,5%.
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Fontes oficiais
- Lei Complementar 123/2006 (art. 18, §4º, VII — manipulados; §5º-I e §5º-M — Fator R)
- Lei 3.820/1960 — Conselhos de Farmácia
- Portal do Simples Nacional — Receita Federal
- ANVISA — RDC 67/2007, boas práticas de manipulação
- IBGE / CONCLA — consulta oficial de CNAE
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