A contabilidade para médicos PJ decide, na prática, quanto do seu plantão ou consultório sobra no seu bolso: o CNAE certo, o anexo do Simples Nacional, o Fator R e — no Lucro Presumido — a equiparação hospitalar podem significar uma carga tributária de 6% ou de mais de 20% sobre o mesmo faturamento. Este guia mostra, com os números de 2026, como o médico paga menos imposto dentro da lei e o que exigir da sua contabilidade.
CNAE para médico: qual usar
O CNAE descreve a atividade da sua empresa e influencia diretamente o imposto. Para medicina, os principais são:
| CNAE | Descrição | Quando usar |
|---|---|---|
| 8630-5/03 | Atividade médica ambulatorial restrita a consultas | Consultório e plantonista PJ (o mais comum) |
| 8630-5/01 | Atividade médica ambulatorial com procedimentos cirúrgicos | Clínica que realiza procedimentos |
| 8630-5/02 | Atividade médica ambulatorial com exames complementares | Clínica com exames |
| 8610-1/01 | Atividades de atendimento hospitalar | Estruturas hospitalares (base da equiparação) |
Errar o CNAE custa caro: um código genérico pode travar o credenciamento em convênios, gerar ISS incorreto e até impedir a equiparação hospitalar. Confira o enquadramento da sua atividade na Consulta CNAE por profissão da Contefy.
Médico pode ser MEI?
Não. Medicina é profissão regulamentada de natureza intelectual e está fora da lista de ocupações permitidas ao MEI. O caminho do médico é abrir uma empresa comum — em geral uma Sociedade Limitada Unipessoal (SLU), que não exige sócio e protege o patrimônio pessoal — e optar pelo Simples Nacional ou pelo Lucro Presumido, conforme a conta que mostramos a seguir.
Simples Nacional: Anexo III ou V? O Fator R decide
A medicina entra, por padrão, no Anexo V do Simples, que começa em 15,5%. Mas, se a folha de pagamento (incluindo o pró-labore com encargos) representar 28% ou mais da receita bruta dos últimos 12 meses, o Fator R leva a atividade para o Anexo III, que começa em 6%.
| Cenário | Anexo | Alíquota inicial |
|---|---|---|
| Folha ≥ 28% da receita | Anexo III | 6% |
| Folha < 28% da receita | Anexo V | 15,5% |
Para o médico PJ sem funcionários, o pró-labore é a principal alavanca do Fator R — e existe um ponto de equilíbrio em que aumentar o pró-labore para alcançar os 28% custa menos do que pagar o Anexo V. Essa conta muda a cada faixa de faturamento: simule na Calculadora de Fator R e veja as faixas completas na Tabela do Simples Nacional.
Equiparação hospitalar: o benefício que quase ninguém aplica
No Lucro Presumido, a regra geral presume lucro de 32% da receita para serviços. A equiparação hospitalar reduz essa presunção para 8% no IRPJ e 12% na CSLL quando a clínica presta serviços de natureza hospitalar (procedimentos, cirurgias, exames), é sociedade empresária e atende às normas da ANVISA — entendimento consolidado pelo STJ. Na prática, clínicas que se enquadram chegam a uma carga efetiva na casa de 11% a 13%, muitas vezes menor que o Simples.
Consulta simples e plantão puro não se enquadram — por isso a análise precisa ser feita caso a caso, com base na atividade real e na estrutura da clínica.
Quer saber qual regime deixa mais dinheiro no seu bolso? A Contefy faz essa simulação de graça: fale com um contador no WhatsApp — a abertura do CNPJ médico é gratuita e a troca de contador também.
Pró-labore, INSS e distribuição de lucros do médico
O médico sócio precisa de pró-labore — a Receita autua sócio que trabalha e não retira. Sobre ele incidem INSS de 11% e IRPF pela tabela progressiva (em 2026, retiradas de até R$ 5 mil/mês ficam isentas de IR pela Lei 15.270/2025). O restante do resultado pode sair como distribuição de lucros, isenta de IR — observando que, desde 2026, valores acima de R$ 50 mil/mês por sócio sofrem retenção de 10%, como explicamos no guia de tributação de dividendos.
A combinação pró-labore x lucros também alimenta o Fator R: definir esse valor “no chute” costuma ser o erro mais caro do médico PJ. Use a Calculadora de Pró-labore como ponto de partida.
Como abrir o CNPJ médico (ou trocar de contador)
- Definição do tipo societário (em geral SLU) e do CNAE correto;
- Registro na Junta Comercial e emissão do CNPJ;
- Inscrição municipal e cadastro para emitir NFS-e;
- Registro da empresa no CRM (quando exigido para clínicas);
- Opção pelo regime tributário com simulação Simples x Presumido;
- Configuração de pró-labore, INSS e rotina de notas.
Com a Contefy, tudo isso é feito por uma equipe que atende médicos todos os dias: abertura de CNPJ grátis e contabilidade online a partir de R$ 139,90/mês. Se você já tem empresa, a troca de contador é gratuita e sem burocracia.
Perguntas frequentes
Médico PJ paga quanto de imposto?
Depende do regime: no Simples, de 6% (Anexo III com Fator R) a 15,5% ou mais (Anexo V); no Lucro Presumido, em torno de 13% a 16%, podendo cair para 11% a 13% com equiparação hospitalar. A simulação com os seus números é indispensável.
Vale a pena ser médico PJ em vez de CLT ou RPA?
Na maioria dos plantões e contratos com clínicas, sim: a carga do PJ costuma ser bem menor que os até 27,5% de IRPF da pessoa física. Compare os cenários na Calculadora CLT x PJ.
Médico pode abrir empresa sozinho?
Sim, pela Sociedade Limitada Unipessoal (SLU), sem sócio e com responsabilidade limitada ao capital da empresa.
O que é melhor: Simples ou Lucro Presumido para médico?
Consultório e plantonista com folha enxuta tendem ao Simples com Fator R; clínicas com estrutura e procedimentos podem pagar menos no Presumido com equiparação hospitalar. É uma conta, não uma regra.
Médico PJ precisa emitir nota fiscal?
Sim, NFS-e a cada serviço prestado. A Contefy configura o emissor e o app permite emitir notas ilimitadas.
Conclusão
A contabilidade para médicos vai muito além de entregar guias: CNAE certo, Fator R calibrado, regime bem escolhido e, quando cabível, equiparação hospitalar são a diferença entre pagar 6% e pagar mais de 20%. A Contefy cuida disso por você, com abertura de CNPJ grátis e planos a partir de R$ 139,90/mês. Chame no WhatsApp e faça a simulação sem compromisso.