Contabilidade para Farmácias: CNAE, Simples e ICMS-ST

Contabilidade para farmácias em 2026: segregação de receitas, ICMS-ST, tributação monofásica de PIS/Cofins e SNGPC. Guia completo.

O imposto da farmácia não é o que aparece na guia

Uma farmácia no Simples Nacional recolhe o Anexo I, com alíquota inicial de 4%. Só que boa parte do que ela vende já veio com o ICMS pago lá atrás, pelo distribuidor, no regime de substituição tributária.

Quando a contabilidade não segrega essas vendas na apuração mensal, a farmácia recolhe ICMS de novo dentro da guia do Simples. É dinheiro jogado fora, todo mês, em silêncio.

Em uma farmácia que fatura R$ 200 mil por mês, com a maior parte do mix em ST, o erro passa fácil de R$ 3 mil mensais. Este guia mostra como estruturar a contabilidade para que isso não aconteça.

CNAE para farmácias

A escolha entre farmácia com e sem manipulação muda o CNAE, a exigência sanitária e até o anexo do Simples aplicável a parte da receita.

Código CNAEDescriçãoQuando usar
4771-7/01Comércio varejista de produtos farmacêuticos, sem manipulação de fórmulasDrogaria comum, o CNAE principal da maioria
4771-7/02Comércio varejista de produtos farmacêuticos, com manipulação de fórmulasFarmácia de manipulação, exige estrutura e licença específicas
4771-7/03Comércio varejista de produtos farmacêuticos homeopáticosFarmácias homeopáticas
4772-5/00Comércio varejista de cosméticos, produtos de perfumaria e de higiene pessoalLinha de perfumaria, presente em praticamente toda drogaria
4773-3/00Comércio varejista de artigos médicos e ortopédicosAparelhos de pressão, meias de compressão, órteses, materiais de curativo
8630-5/06Serviços de vacinação e imunização humanaSala de vacina dentro da farmácia
8690-9/99Outras atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormenteServiços farmacêuticos: aferição de pressão, aplicação de injetáveis, testes rápidos

Um alerta: muitos textos indicam o CNAE 8690-9/01 para serviços farmacêuticos. Esse código corresponde a práticas integrativas e complementares em saúde, como acupuntura, e não descreve a atividade da farmácia. Para o serviço farmacêutico, o código adequado é o 8690-9/99. Confira as combinações na consulta de CNAE por profissão.

Farmácia pode ser MEI?

Não. O comércio varejista de medicamentos exige responsável técnico farmacêutico inscrito no CRF, licença sanitária e autorização de funcionamento da ANVISA. Nenhum desses requisitos é compatível com o MEI.

Além disso, os CNAEs de farmácia não constam na lista de ocupações permitidas ao Microempreendedor Individual, e o teto de R$ 81 mil por ano do MEI equivale a menos de R$ 7 mil de faturamento mensal, inviável para uma drogaria.

O caminho é abrir como Sociedade Limitada Unipessoal ou LTDA e optar pelo Simples Nacional. Quem tem hoje um MEI de outra atividade e vai migrar encontra o roteiro em MEI que estourou o limite no meio do ano.

Contabilidade para farmácias: enquadramento no Simples Nacional

A farmácia é comércio e recolhe pelo Anexo I. Mas parte da receita pode cair em outro anexo, dependendo do que ela vende.

AnexoAlíquota inicialReceita a que se aplica
Anexo I4%Venda de medicamentos prontos, perfumaria, higiene, artigos médicos e correlatos
Anexo III6%Medicamentos manipulados sob encomenda para entrega posterior, serviços farmacêuticos e vacinação

Esse detalhe da manipulação vem da própria Lei Complementar 123: a receita de medicamentos manipulados por encomenda, para entrega posterior ao adquirente, é tributada no Anexo III. Já o manipulado de pronta-entrega, produzido para estoque, segue no Anexo I.

Farmácias de manipulação que não fazem essa segregação acabam tributando tudo no Anexo I e perdendo a possibilidade de aproveitar a redução do ICMS que existe no Anexo III. A tabela do Simples Nacional mostra a progressão das faixas.

ICMS-ST: o ponto onde a contabilidade para farmácias mais erra

Medicamentos estão no regime de substituição tributária em praticamente todos os estados. O laboratório ou o distribuidor recolhe o ICMS de toda a cadeia antecipadamente, e a farmácia revende sem novo débito do imposto.

O que isso significa na apuração do Simples: as vendas de mercadorias com ICMS já recolhido por substituição devem ser informadas no PGDAS-D como receita com ICMS por substituição tributária. O sistema então desconta o percentual de ICMS da alíquota efetiva daquela parcela.

Sem essa segregação, a farmácia paga o ICMS do Simples sobre mercadorias que já vieram tributadas. É o erro mais comum e mais caro do setor.

Três pontos práticos para manter isso funcionando:

  • Cadastro de produtos com CEST e NCM corretos. É o que permite ao sistema identificar automaticamente o que está em ST. Cadastro desatualizado é a origem quase sempre.
  • Conferência das notas de entrada. O distribuidor informa a ST na nota. Se o lançamento entrar errado no sistema, a saída também sai errada.
  • Perfumaria e higiene também têm ST. Boa parte da linha de cosméticos e higiene pessoal está no regime, com regras próprias por estado.

Vale ainda observar dois pontos específicos da farmácia. O primeiro é o PIS e COFINS monofásico: medicamentos da lista da Lei 10.147/2000 têm a contribuição concentrada na indústria, e a farmácia revende com alíquota zero. No Simples, essa parcela também deve ser segregada no PGDAS-D. O segundo é o convênio com programas como Farmácia Popular, cujo repasse tem prazo e retenções próprias e precisa ser conciliado mês a mês.


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Passo a passo para abrir uma farmácia

  1. Defina o formato. Drogaria sem manipulação exige estrutura bem menor que farmácia de manipulação, que precisa de laboratório, área de pesagem e licenças adicionais.
  2. Escolha o tipo societário. SLU para um único dono, LTDA quando há sócios.
  3. Registre os CNAEs, com 4771-7/01 ou 4771-7/02 como principal, mais perfumaria, artigos médicos e serviços farmacêuticos.
  4. Consulte a viabilidade na Junta Comercial e a lei de zoneamento do município: farmácia tem exigência de distância mínima em algumas cidades.
  5. Registre o contrato social e obtenha o CNPJ.
  6. Contrate o farmacêutico responsável técnico e faça a inscrição no CRF do estado.
  7. Obtenha a licença sanitária municipal e a Autorização de Funcionamento da ANVISA, além da AFE especial se for trabalhar com controlados.
  8. Faça a inscrição estadual para operar com ICMS e emitir NF-e e NFC-e.
  9. Opte pelo Simples Nacional e configure o sistema de frente de caixa com NCM, CEST e regime tributário por produto.

O prazo total costuma ficar entre 30 e 60 dias, quase sempre limitado pela vigilância sanitária e pela ANVISA.

Perguntas frequentes sobre contabilidade para farmácias

Farmácia pode ficar no Simples Nacional?

Pode, desde que fature até R$ 4,8 milhões por ano. Não há vedação por atividade para o comércio varejista de medicamentos.

Preciso de inscrição estadual mesmo estando no Simples?

Sim. Farmácia comercializa mercadoria e é contribuinte de ICMS, então a inscrição estadual é obrigatória, ainda que o imposto venha embutido na guia do Simples.

Como funciona o imposto sobre a venda de manipulados?

Manipulado sob encomenda, com entrega posterior, é tributado no Anexo III. Manipulado produzido para estoque e vendido pronto segue o Anexo I, como qualquer mercadoria.

A sala de vacina muda o enquadramento da farmácia?

Muda o tratamento daquela receita específica, que passa a ser serviço no Anexo III. A receita de mercadorias continua no Anexo I. É preciso segregar as duas na apuração.

Meu contador não segrega ST no PGDAS-D. Dá para recuperar o que paguei a mais?

Dá. É possível retificar as declarações dos últimos cinco anos e pedir restituição ou compensação do valor recolhido indevidamente. Veja como trocar de contador e peça uma revisão retroativa.

Fontes oficiais

  • Lei Complementar 123/2006, artigo 18, sobre os anexos do Simples Nacional e a receita de manipulados
  • Lei 10.147/2000, que instituiu o regime monofásico de PIS e COFINS para medicamentos
  • Convênio ICMS 142/2018, que disciplina a substituição tributária entre os estados
  • RDC da ANVISA sobre boas práticas farmacêuticas e Autorização de Funcionamento
  • Tabela CNAE 2.3, Concla e IBGE, para validação das subclasses citadas

Conclusão

A contabilidade para farmácias vive de detalhe: NCM certo, CEST certo, segregação de ST e de monofásico no PGDAS-D e separação da receita de serviços. Nenhum desses pontos é complexo, mas todos precisam estar funcionando ao mesmo tempo.

Quando estão, a alíquota efetiva da farmácia cai bem abaixo dos 4% nominais do Anexo I. Quando não estão, ela paga imposto sobre imposto todo mês.

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